O cortiço, publicado em 1890, focaliza a ascensão social do comerciante português João Romão, dono de uma venda, de uma pedreira e de um cortiço, bem perto do sobrado de um patrício endinheirado, o comendador Miranda. A rivalidade entre os dois aumenta à medida que cresce o número de casinhas do cortiço, alugadas, na sua maioria, pelos empregados da pedreira, que também fazem compras na venda de João Romão, que, desse modo, vai se enriquecendo rapidamente. Com a intenção obsessiva de tornar-se rico, João Romão não se permite o menor luxo, economizando cada moeda e explorando os outros sempre que pode. Vive amasiado com uma escrava fugida chamada Bertoleza, que o auxilia no trabalho duro, e para quem ele forjou um documento de alforria. O grande sonho de João Romão é adquirir prestígio social, como seu patrício Miranda. Este, à medida que o vendeiro vai enriquecendo, não vê com maus olhos a possibilidade de oferecer-lhe a mão de sua filha, Zulmira. Um amigo comum, Botelho, se faz intermediário das negociações e tudo fica arranjado. João Romão fica noivo de Zulmira, alcançando assim um patamar mais alto na escala social. O único inconveniente é Bertoleza, que não aceita ser descartada sumariamente. Botelho arma um plano: denuncia Bertoleza como escrava fugida a seu verdadeiro dono, que vai com a polícia prendê-la. João Romão faz de conta que não sabe de nada e a entrega. Bertoleza percebe que o vendeiro, sem coragem de mandá-la embora ou de matá-la, preparou essa armadilha para devolvê-la ao cativeiro. Desesperada, ela se mata. A narração desses fatos da vida de João Romão entrelaça-se com a narração de vários episódios dos moradores do cortiço, cuja luta pela sobrevivência é dura e cruel. O caso de Jerônimo é exemplar da visão naturalista do autor. Jerônimo é um operário português contratado por João Romão para trabalhar na pedreira. É um homem sério, casado com Piedade, também portuguesa. Eles têm uma filha adolescente e vivem bem como família. Mas, no cortiço, Jerônimo começa a sofrer influência daquele ambiente sensual e desregrado, apaixona-se pela mulata Rita Baiana, por ela mata um rival e abandona a família. Acompanhando a evolução social de João Romão, o cortiço também se desenvolve, principalmente depois de um grande incêndio, quando passa por reformas e transforma-se na "Avenida São Romão", com melhor aparência e uma população mais ordeira. A população mais baixa e miserável se transfere para outro cortiço, o Cabeça de Gato, mantendo-se assim a engrenagem do sistema social em que predomina a lei do mais forte.